富集型群养系统中的垫板常常被鸡粪污染。受污染的垫板提高了人们对生产环境中微生物质量的担忧，进而增加了对鸡蛋安全或其他疾病发生率的关注。研究和开发应注重于研究能够保持垫板清洁的方法。这一方面的轶事证据表明，垫板的大小对于其清洁度会产生重要的影响。
对于使用垫料的平养系统（如大鸟笼式鸡舍）而言，现场数据表明，此类饲养系统中空气悬浮颗粒的浓度和排放率远高于传统笼养系统。较高的PM浓度会影响蛋鸡和工作人员的健康。已有有效的灰尘控制系统可用于控制动物饲养舍内PM的产生，如电子沉降系统可降低肉鸡舍内的粉尘，油滴喷雾系统可抑制猪舍内的粉尘。然而，能否在大鸟笼式鸡舍中使用这类系统还不可确定，因为电子沉降系统会使灰尘附着到鸡舍的设备上，而喷雾的油滴会使母鸡在地面和笼层之间移动时增加受伤的可能性。因此，还需要继续研究其他可显著降低非笼式饲养系统中粉尘产生量的方法，同时还需要研究创新性的工程学设计。
光照管理在蛋鸡饲养中起到很重要的作用。在非笼式饲养系统中，即大鸟笼式鸡舍，正确的光照程序是训练蛋鸡将蛋产在指定的产蛋箱中而不是产在垫料/粪便地面的关键。用可调光照系统模拟傍晚和黎明，比在早晨突然开/关灯以唤醒蛋鸡并鼓励他们在晚上回巢更有效。
